在学术界，抄袭和剽窃是绝对不可容忍的行为。为了确保学术研究的原创性和真实性，各大高校和学术机构都会使用论文查重软件对提交的论文进行检测。其中，知网查重是应用非常广泛的一种工具。但很多同学对知网查重的原理和标准存在疑问，尤其是关于是否将参考文献计算在内的问题。那么，知网查重到底算不算参考文献呢？

首先，我们要明确知网查重的目的是什么。知网查重的核心是检测论文中是否存在与他人作品相同或高度相似的部分，从而判断该论文是否存在抄袭问题。而参考文献是论文中不可或缺的一部分，它标明了作者所引用的他人观点、数据和研究成果的来源。如果参考文献被计算在重复率内，那么将导致大量正常的引用被误判为抄袭，这对作者来说显然是不公平的。

实际上，知网查重在检测时会为参考文献设置特定的识别标志，例如一些常用的格式如[序号]、[作者姓名]、[出版年份]等。这些标志能够帮助查重软件识别出参考文献部分，并在计算重复率时将其排除在外。因此，从技术层面讲，知网查重并不会将参考文献计算在内。

但是，也有一些同学反映自己的参考文献被标红了。这可能是因为参考文献的格式出现了问题，或者被检测系统误判为正文部分。为了避免这种情况，作者在提交论文之前应该仔细检查参考文献的格式是否符合规范，并确保每一条引用都有清晰的引用标签和序号。

至于其他的免费论文查重软件，由于技术和原理与知网查重存在差异，可能会有不同的处理方式。但总体来说，为了确保论文的原创性和避免不必要的麻烦，作者在使用任何查重软件时都应仔细阅读其使用说明并遵循相应的规范。

综上所述，知网查重在计算重复率时并不会将参考文献计算在内。但是为了确保论文的准确性和避免可能的误判，作者应确保参考文献的格式正确并遵循相应的引用规范。