知网毕业论文查重的原理是将学生提交的论文中除参考文献外的论文摘要、正文和结尾等文字部分与知网数据库中的论文及相关资源进行对比分析并将系统检测出的连续13个字重复部分认定为抄袭。本科论文查重不会检测图片、公式等非文字部分和标题、目录和作者等非正文部分。毕业论文查重时，知网系统还会将学术提交的论文与大学生数据库中的论文进行比对。
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