知网查重时参考文献不需要删除，只要参考文献的格式设置正确，知网查重系统就能自动识别文献格式部分，并不计算到重复率之中。并且放入参考文献，也是为了论文检测时的完整性，还可以帮助用户检查引用的文献格式是否设置正确，如果参考文献在知网查重时发现引用格式出现了问题，那么在查重报告中会标明出引用格式有误，最后用户针对这个问题进行修改即可。
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