在学术论文的撰写与提交过程中，PDF格式因其跨平台兼容性和格式稳定性而广受欢迎。然而，当涉及到论文查重这一关键环节时，PDF格式的处理便显得尤为重要。针对PDF格式在知网与万方论文查重中的应用，我们首先需要明确的是，两大平台均支持PDF格式上传进行查重，但为了确保查重结果的准确性和可靠性，我们需要采取一些策略来优化PDF文件。

首先，确保PDF文件的清晰度和可读性是关键。在准备提交查重的PDF文件时，应避免使用过于复杂的排版或过多的图像、公式等非文本元素，因为这些元素在转换为文本进行比对时可能会出现识别不准确的问题，从而影响查重结果。同时，检查文件是否加密或有权限限制，这些因素也可能阻碍查重系统的正常解析。

其次，针对PDF文件中的特殊内容，如公式、图表等，建议提前进行预处理。可以尝试将这些内容转换为文本描述或使用查重系统支持的格式进行标注，以提高查重的准确度。此外，对于引用、目录和参考文献等部分，应确保格式规范，以便查重系统能够正确识别并排除这些非原创内容。

在提交查重前，不妨先自行使用专业的PDF编辑工具检查文件，确保所有内容均符合学术规范，并尽量减少非必要的复杂格式。同时，也可以利用一些在线的PDF转换工具，将PDF文件转换为Word等更利于查重系统处理的格式，再进行查重，以获得更准确的结果。

值得注意的是，虽然PDF格式在论文提交中具有诸多优势，但在查重过程中仍需谨慎处理。不同查重系统对PDF文件的解析能力可能存在差异，因此建议同时使用多个查重平台进行比对，以确保查重结果的全面性和准确性。

综上所述，PDF格式在知网与万方论文查重中的应用是可行的，但为了确保查重结果的准确性和可靠性，我们需要采取一系列优化措施来处理PDF文件。通过提高文件的清晰度、可读性，预处理特殊内容，以及使用多种查重平台进行比对，我们可以更好地利用PDF格式的优势，为学术论文的查重工作提供有力支持。