万方查重的对比库收录的文献会和知网查重不一样，由于大多数院校都会使用知网进行检测，其中包括毕业生、投稿人员、个人作者写的论文都会被知网对比库收录，这也致使知网对比库收录的文献数量会比万方的多很多。另外万方查重系统的价格也会和知网查重不一样，因为知网查重系统所拥有的对比库相对于万方查重系统会丰富很多，因此知网查重的价格普遍会比万方贵很多。
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