算的，只要待检测论文包含有参考文献和目录这两个部分，查重系统就会计算参考文献和目录的字数。知网查重时，查重系统也会计算参考文献的重复率，而论文中是否需要放入参考文献进行检测需要学生查看学校的查重要求，如学校要求查重时放入参考文献内容，那么学生在查重时也需要放入参考文献部分，保证查重结果一致；如学校要求只测正文，那么学生在查重时自行删除其它部分，只留正文部分进行检测即可。
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