采用国际比较通用的参考文献排版格式，如APA、MLA和国标7714，进行论文的排版工作。绝大多数高校都采用此三种格式的一种，因此具体的参考文献的格式由学校通知。在知网查重系统中，文章中参考文献的判定规则为文章中的页眉。当文章上传到系统中后，知网会对全文进行分析，首先分析各章节标题及页眉，如参考文献的标题即是“参考文献”，页眉也是“参考文献”四个字或者无页眉，此时判定该部分为参考文献。
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